Jako čokoládu do fondue můžeme použít téměř jakoukoliv čokoládu, která má formu drobných čoček (čím menší, tím lepší), po zahřátí alespoň trochu teče (má dost kakaového másla) a hlavně takovou, která nám chutná. Výborné na čokoládové fondue jsou ochucené čokolády Callebaut. Například jahoda namáčená v čokoládě cappuccino nebo ananas v medové čokoládě jsou opravdu gurmánskými zážitky.
Na čokoládové fondue můžete bez obav použít čokoládu, která je určena do čokoládové fontány, viz zde. Obráceně, tedy čokoládu vhodnou pro čokoládové fondue použít do čokoládové fontány je možné jen tehdy, pokud ji dostatečně naředíte kakaovým máslem nebo rostlinným olejem tak, aby tekla. Rozdíl mezi čokoládou na fondue a čokoládou do čokoládové fontány je v tom, že čokoláda do čokoládové fontány obsahuje více kakaového másla a díky tomu lépe teče.
Pokud chcete zažít něco nevšedního, doporučujeme použít na čokoládové fondue tvz. čokolády single origin nebo plantážové čokolády. To jsou pravé čokolády pro mlsouny, kteří se nespokojí jen mléčnou nebo hořkou čokoládou, ale chtějí se přesvědčit, že mléčná čokoláda vyrobená z kakaových bobů z Madagaskaru chutná jinak, než čokoláda vyrobená z kakaových bobů z Jávy.
